Hola, creo que deberias revisar la desactivacion del IPV6 en tus maquinas en principio si las interfaces estan desconectadas e INACTIVAS no deberian enviar trafico, otro tema es que solo esten deshabilitadas en el panel de control ya que casi todas las tarjetas modernas permiten el walk on lan y eso genera respuesta ante cualquier peticion brodcast en tu red y de ahi que aparezcan direcciones IPV6 en tu DNS, te recomiendo que te montes alguna herramienta tipo Ntop y monitorices tu red, no creo que tengas un problema en el DNS.
Espero haberte ayudado.